Omicron BA.2.86 Pirola nightmare: Empirical formulas and thermodynamic properties (enthalpy, entropy and Gibbs energy) of nucleocapsid, virus particle and biosynthesis of BA.2.86 Pirola variant of SARS-CoV-2

Abstract

Similarly to a phoenix, SARS-CoV-2 has appeared periodically in waves. The new variants that appeared through mutations have suppressed earlier variants, causing new waves of the pandemic. The Omicron BA.2.86 Pirola variant is the latest in the sequence. An increased infectivity was noticed, which results in rapid spreading, as well as decreased pathogenicity, which results in a lower number of severe cases. However, in the public there is a fear of further development of the epidemic. This analysis was made with the goal to assess the risks in the period of early 2024. Mutations that were developed by the BA.2.86 variant have led to a change in empirical formula and thermodynamic properties. The empirical formula of the BA.2.86 virus particle is CH1.639023O0.284130N0.230031P0.006440S0.003765. It is different than those of other variants of SARS-CoV-2, other virus species and cellular organisms. The driving force for virus multiplication, Gibbs energy of biosynthesis, of the BA.2.86 variant is -221.75 kJ C-mol-1. It is more negative than that of its host tissue. According to the biosynthesis phenomenological equation, the more negative Gibbs energy of biosynthesis allows the virus to achieve a greater biosynthesis rate and hijack the host cell metabolism. However, Gibbs energy of biosynthesis of the BA.2.86 variant is similar to those of the CH.1.1 and XBB.1.16 variants. This means that these variants should have similar multiplications rates and thus similar pathogenicity. Therefore, it seems that there is no ground for fear of an extensive spreading of severe forms, but there are reasons for caution and monitoring of the spreading of the epidemic and potential appearance of new mutations. Moreover, unlike the earlier pandemic waves, during the newest pandemic wave, infections with influenza, RSV and BA.2.86 variant simultaneously appeared, which deserves an analysis.

Слично фениксу, SARS-CoV-2 се периодично појављивао у таласима. Нове варијанте које су се појавиле кроз мутације потиснуле су раније варијанте, што је изазвало нове таласе пандемије. Омикрон BA.2.86 Пирола варијанта је најновија у низу. Уочена је повећана инфективност, што резултира брзим ширењем, као и смањена патогеност, што резултира мањим бројем тешких случајева. Међутим, у јавности постоји страх од даљег развоја епидемије. Ова анализа је урађена са циљем да се процене ризици у периоду од почетка 2024. године. Мутације које је развила варијанта BA.2.86 довеле су до промене емпиријске формуле и термодинамичких особина. Емпиријска формула BA.2.86 вирусне честице је CH1.639023O0.284130N0.230031P0.006440S0.003765. Она се разликује се од других варијанти SARS-CoV-2, других врста вируса и ћелијских организама. Driving force за умножавање вируса, Гибсова енергија биосинтезе, варијанте BA.2.86 је -221,75 kJ C-mol-1. Она је негативнија од Гибсове енергије биосинтезе ткива домаћина. Према феноменолошкој једначини биосинтезе, негативнија Гибсова енергија биосинтезе омогућава вирусу да постигне већу брзину биосинтезе и преузме метаболизам ћелије домаћина. Међутим, Гибсова енергија биосинтезе варијанте BA.2.86 је слична оној код варијанти CH.1.1 и XBB.1.16. То значи да ове варијанте треба да имају сличне брзине размножавања, а самим тим и сличну патогеност. Дакле, чини се да нема основа за страх од екстензивног ширења тешких облика, али постоје разлози за опрез и праћење ширења епидемије и потенцијалне појаве нових мутација. Штавише, за разлику од ранијих пандемијских таласа, током најновијег пандемијског таласа, истовремено су се појавиле инфекције инфлуенце, RSV и варијанте BA.2.86, што заслужује анализу.