Show simple item record

Uticaj disperzivnih interakcija na afinitet vezivanja liganada sa arilpiperazinskom funkcijom za dopaminski D2 receptor

dc.creatorZlatović, Mario
dc.creatorŠukalović, Vladimir
dc.creatorRoglić, Goran
dc.creatorKostić Rajačić, Slađana
dc.creatorAndrić, Deana
dc.date.accessioned2019-01-30T17:19:32Z
dc.date.available2019-01-30T17:19:32Z
dc.date.issued2009
dc.identifier.issn0352-5139
dc.identifier.urihttp://cer.ihtm.bg.ac.rs/handle/123456789/500
dc.description.abstractSeveral isosteric 1,3-dihydro-5-[2-(4-aryl-1-piperazinyl)ethyl]-2H-benzimidazole-2-thiones were used to investigate the interactions of different ligands with the binding site of the D2 receptor. Due to limitations of the simulation methods, docking analysis failed to show precisely the interactions that influence the binding affinity of the ligands. It is presumed that dispersive forces or more precisely edge-to-face interactions play an important role in the binding process, especially for the lipophilic part of the ligands. In order to confirm this hypothesis, ab initio calculations were applied on a model system in order to find the stabilization energies of potential edge-to-face interactions and then to correlate them with the ligand affinity. The obtained results indicate that there is a significant correlation between the strength of dispersive interactions and ligand affinity. It was shown that for the calculation of stabilization energies of modeled receptor-ligand complexes the Becke 'half-and-half' hybrid DFT method can be used, thus speeding up the usually long calculation time and reducing the required computer strength.en
dc.description.abstractNekoliko izosternih 1,3-dihidro-5-[2-(4-aril-1-piperazinil)etil]-2H-benzimidazol-2-tiona je korišćeno da bi se ispitale interakcije različitih liganada sa vezivnim mestom dopaminskog D2 receptora. Zbog ograničenja metoda korišćenih za simulaciju vezivanja, analiza ovih rezultata nije mogla da pokaže preciznije koje interakcije utiču na afinitet vezivanja liganada. Pretpostavljeno je da disperzivne sile, ili preciznije, tzv. edge-to-face interakcije, igraju značajnu ulogu u procesu vezivanja, naročito u lipofilnom delu liganda. Da bi se potvrdila ova hipoteza primenom ab initio izračunavanja na model sistem, pokušano je izračunavanje stabilizacione energije ovih interakcija i njeno dovođenje u vezu sa afinitetom liganada. Dobijeni rezultati ukazuju da postoji značajna korelacija između jačine disperzivnih interakcija i afiniteta liganda. Pokazano je da se pri izračunavanju stabilizacionih energija modelovanih kompleksa ligand-receptor može upotrebiti Beckeova 'half-and-half' hibridna DFT metoda, što značajno smanjuje vreme potrebno za izračunavanja i potrebne računarske resurse.sr
dc.publisherSerbian Chemical Society
dc.relationinfo:eu-repo/grantAgreement/MESTD/MPN2006-2010/142009/RS//
dc.rightsopenAccess
dc.sourceJournal of the Serbian Chemical Society
dc.subjectdispersive interactionsen
dc.subjecthybrid DFTen
dc.subjectligand affinityen
dc.subjectcorrelationen
dc.subjectD2en
dc.titleThe influence of dispersive interactions on the binding affinities of ligands with an arylpiperazine moiety to the dopamine D2 receptoren
dc.titleUticaj disperzivnih interakcija na afinitet vezivanja liganada sa arilpiperazinskom funkcijom za dopaminski D2 receptorsr
dc.typearticle
dc.rights.licenseBY-NC-ND
dcterms.abstractРоглић, Горан М.; Шукаловић, Владимир; Златовић, Марио В.; Aндрић, Деана Б.; Костић Рајачић, Слађана; Утицај дисперзивних интеракција на афинитет везивања лиганада са арилпиперазинском функцијом за допамински Д2 рецептор; Утицај дисперзивних интеракција на афинитет везивања лиганада са арилпиперазинском функцијом за допамински Д2 рецептор;
dc.citation.volume74
dc.citation.issue10
dc.citation.spage1051
dc.citation.epage1061
dc.citation.other74(10): 1051-1061
dc.citation.rankM23
dc.identifier.doi10.2298/JSC0910051Z
dc.identifier.rcubConv_271
dc.identifier.fulltexthttp://cer.ihtm.bg.ac.rs//bitstream/id/9143/498.pdf
dc.identifier.scopus2-s2.0-77349089522
dc.identifier.wos000270746600004
dc.type.versionpublishedVersion


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record