Show simple item record

Modelovanje ključnih interakcija između druge ekstracelularne petlje dopaminskog D2 receptora i arilpiperazina kao liganada

dc.creatorŠukalović, Vladimir
dc.creatorŠoškić, Vukić
dc.creatorAndrić, Deana
dc.creatorRoglić, Goran
dc.creatorKostić Rajačić, Slađana
dc.date.accessioned2019-01-30T17:30:44Z
dc.date.available2019-01-30T17:30:44Z
dc.date.issued2012
dc.identifier.issn0352-5139
dc.identifier.urihttp://cer.ihtm.bg.ac.rs/handle/123456789/1022
dc.description.abstractSecond extracellular loop (ecl2) of the dopamine (DA) D2 receptor is an essential part of the binding pocket of dopaminergic ligands. To form a part of the ligand-binding surface, it has to fold down into the transmembrane domain of the DA receptor. The current study describes the modeling of the D2 DA receptor ecl2 and its interactions with arylpiperazine ligands. In order to model the D2 DA receptor ecl2, several arylpiperazine ligands were used to propose a pharmacophore model. D2 DA receptor ecl2 model was built using Accelrys Discovery Studio. To test the proposed model, docking analysis was performed and key amino acid residues were determined. The proposed receptor-ligand interactions were rationalized and compared with measured binding affinities. It is shown that D2 DA receptor ecl2 significantly participates in the formation of the receptor-ligand complex through aromatic, hydrophobic and polar interaction. Considering them would benefit molecular modeling of G- protein-coupled receptors (GPCRs) and facilitate the design of novel active compounds.en
dc.description.abstractDruga ekstracelularna petlja dopaminskog D2 receptora je esencijalni deo vezivnog mesta receptora. Da bi se definisala gornja strana vezivnog mesta, ona mora da se savije nadole, i orijentiše ka transmembranskom domenu receptora. U ovom radu opisan je proces modelovanja druge ekstracelularne petlje dopaminskog D2 receptora i njene interakcije sa arilpiperazinskim ligandima. Za modelovanje je korišćen Accelrys Discovery Studio paket programa. Predloženi model je testiran doking analizom literaturno dostupnih liganada i poređenjem dobijenih rezultata sa njihovim afinitetom vezivanja za D2 receptor. Određeni su amino-kiselinski ostaci koji stupaju u interakcije sa ligandima. Ključne interakcije su definisane i upoređene sa afinitetima liganada prema receptoru kako bi se predloženim modelom objasnile razlike u eksperimentalnim rezultatima. Naša istraživanja su pokazala da druga ekstracelularna petlja dopaminskog D2 receptora može stupati u različite interakcije sa arilpiperazinskim ligandima koje između ostalih uključuju hidrofobne, aromatične interakcije ali i vodnonične veze. Ova saznanja, u kombinaciji sa predloženim modelom D2 receptora, koji uključuje ekstracelularne petlje, mogu biti od velike koristi prilikom budućeg dizajna novih dopaminergičkih liganada.sr
dc.publisherSerbian Chemical Soc, Belgrade
dc.relationinfo:eu-repo/grantAgreement/MESTD/Basic Research (BR or ON)/172032/RS//
dc.rightsopenAccess
dc.sourceJournal of the Serbian Chemical Society
dc.subjectextracellular loopen
dc.subjectdopamineen
dc.subjectarylpiperazineen
dc.subjectmolecular modelingen
dc.subjectGPRCen
dc.titleModeling key interactions between the second extracellular loop of the dopamine D2 receptor and arylpiperazine ligandsen
dc.titleModelovanje ključnih interakcija između druge ekstracelularne petlje dopaminskog D2 receptora i arilpiperazina kao liganadasr
dc.typearticle
dc.rights.licenseBY-NC-ND
dcterms.abstractAндриц, Деана; Роглиц, Горан; Костић Рајачић, Слађана; Шукаловић, Владимир; Соскиц, Вукиц; Моделовање кључних интеракција између друге екстрацелуларне петље допаминског Д2 рецептора и арилпиперазина као лиганада; Моделовање кључних интеракција између друге екстрацелуларне петље допаминског Д2 рецептора и арилпиперазина као лиганада;
dc.citation.volume77
dc.citation.issue3
dc.citation.spage259
dc.citation.epage277
dc.citation.other77(3): 259-277
dc.citation.rankM23
dc.identifier.doi10.2298/JSC111028212S
dc.identifier.rcubConv_2775
dc.identifier.fulltexthttp://cer.ihtm.bg.ac.rs//bitstream/id/7586/1020.pdf
dc.identifier.scopus2-s2.0-84859047285
dc.identifier.wos000302393000001
dc.type.versionpublishedVersion


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record